當青光眼的病情不能用藥物控制時，眼科醫生會考慮用激光手術疏導房水或清理阻塞。一般情況下毋須住院，可在門診部由眼科醫生在顯微鏡的配合下，將高能量的激光束射在虹膜上，形成小孔以助房水流向小樑組織（這種叫做周邊虹膜切除術），或利用激部份排液管道（這種叫濾簾切開術），增加房水流出眼球的速率，以達到治療的效果。

適用於青光眼的顯微手術有很多種類，最常用的是青光眼引流手術。眼科醫生會在手術顯微鏡配合下，利用微細的手術儀器在眼球白色的部份（即鞏膜）與透明的部份（即角膜）的接合處做一個小窗口，然後將一部份小樑組織從窗口處切除，再以合適的鬆緊度將窗口縫合。手術後房水便能繞過被阻塞的排液管道，經由人造的小窗口流出，以防止眼壓過高。